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Alors que Conan était en train de trier les lettres d'admiratrices de son père, il s'aperçut que l'une de ces lettres lui était destinée. Cette lettre était en réalité une invitation pour une fête d'un célèbre architecte. Ne pouvant s'y rendre, Conan utilisant celle de Shinichi demandera à Ran d'y aller et celle-ci s'y rendra avec son père et Conan. Quelques jours après cette fête, Conan reçoit un appel d'un homme étrange masquant sa voix et menaçant de faire exploser plusieurs bombes. Avec le peu d'indices donnés, Conan devra retrouver toutes les bombes et démasquer le dangereux pyromane qui tentera de tuer les Détective Boys, mais aussi Ran.

Dans la même semaine, l'inspecteur Megure, Eri Kisaki et le professeur Agasa se font agresser. Une conclusion s'impose : on cherche à nuire à Kogoro Mouri. Le suspect semble vouloir jouer avec lui, car chacune des personnes agressées a un lien avec une des 13 cartes de pique. Et l'as de pique ne désigne qu'une personne : Shinichi Kudo.

L‘Insaisissable Kid, le Prince des voleurs, tente de s'emparer de l’Œuf Impérial de Russie, un trésor inestimable de la dynastie des Romanov. Mais il semble ne pas être le seul à vouloir s'en emparer car alors que Shinichi se demande s’il parviendra à capturer le Kid, qui lui a déjà échappé par le passé, le voleur est abattu par un assassin connu sous le seul nom de Scorpion ! Celui-ci se trouve parmi les voyageurs qui sont à bord du même yacht que Conan...L’Œuf de Fabergé maudit se trouve en effet au cœur d’une vengeance implacable... Shinichi pourra-t-il protéger le joyau et mettre en échec le plan machiavélique du Scorpion ?

C'est la panique au sein de la police ! Un individu semble s'en prendre à des agents de police.Conan et ses amis, les Détectives boys sont les témoins du meurtre d'un policier, meurtre qui est suivi d'un autre. Tout porte à croire que le meurtrier est lui-même un membre de la police.

Lors d'une réception donnée en l'honneur du mariage de la sœur de l'inspecteur Shiratori, l'inspecteur Megure semble préoccupé par quelque chose mais refuse d’en parler à Mouri. Un peu plus tard dans la soirée, Ran se rend aux toilettes où elle retrouve l'inspecteur Satô. Au moment d’une coupure de courant, Ran et Satô sont attaquées par un individu, Satô - qui est elle-même la cible de ce tueur - tente de la protéger mais est grièvement touchée tandis que Ran, horrifiée - qui a vu le visage de l'assassin - perd connaissance. A son réveil, la jeune fille est frappée d’amnésie. Ce qui n'empêche pas l'assassin d'essayer de la tuer elle-aussi...

L'histoire se déroule avec Conan, Ai et les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, qui vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Mio Tokiwa à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est le propriétaire. Kogoro, Ran et Sonoko sont également invités.

Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : A qui Ai téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les Hommes en Noirs qui guettent à proximité ? Conan pense alors avoir retrouvé la trace des Hommes en Noirs... Il semble que ces derniers soient impliqués dans une série de meurtres sur des personnes ayant un lien avec les Tours Tokiwa... Ils pensent avoir enfin retrouvé la trace de Sherry..

Tout commence alors que Kogoro, Ran, Conan, les Détectives Boys et Haibara sont invités à une soirée d'inauguration d'un jeu vidéo virtuel appelé "Cocoon". Sonoko, dont le père a participé à l'élaboration du jeu, est aussi présente. Lors de cette soirée, les enfants de ceux qui auront participé à la création du jeu pourront le tester. Mais voilà qu'un fantome apparait pendant la réception et la réponse du fantome se trouve dans le jeu. Alors Conan reçoit le badge d'entrer à la démo par le professeur Agasa qui avait aussi participé à la création de Cocoon avec Yusaku Kudo, le père de Shinichi. À la grande surprise de Conan, les Détectives Boys et Haibara ont réussi à obtenir des badges. Alors que tous les enfants sont sur le point d'entrer dans les capsules qui permettent d'entrer dans le jeu, Sonoko donne son badge à Ran pour que celle-ci accompagne Conan. Tous les enfants sont désormais dans le jeu virtuel et tout se passe bien quand soudain, une intelligence artificielle prit le contrôle de tout Cocoon menace de tuer tous les enfants à une condition: il faut qu'au moins une personne finisse le jeu. Conan accompagné de Ran, de tous ses amis et aussi de quatre autres garçons devront attraper le célèbrefantome "Jack The Ripper" (Jack l'Éventreur) afin de terminer ce jeu.

Dans un temple de Tokyo, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartenaient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui avait déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, traine sur cette affaire et ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes.

Dans ce climat de confusion, Conan débarque à Kyôto dans la région d'Osaka - accompagné de Kogoro, Ran et Sonoko - voir Heiji et Kazuha. Heiji et Conan s'allient une fois de plus pour prendre l'affaire en main et vont faire de telles découvertes... qu'ils seront la cible du tueur...

Julie, une actrice de théâtre, reçoit une lettre de Kaito Kid qui menace de voler un joyau lui appartenant. Cette dernière décide de se faire aider par Kogoro Mouri. Selon lui, le vol aura lieu lors de la représentation de la pièce "Joséphine", dont Julie est la vedette. Conan, Ran, les détective Boys, Haibara et même Sonoko sont de la partie. Le Kid sera cette fois particulièrement facile à reconnaître - pour Conan, Agasa et Haibara en tout cas - car il se déguisera en Shinichi. Alors que la pièce est bien entamée, le Kid essaye de s'échapper mais Conan le poursuit et livre un combat contre lui en haut du théâtre. Le combat se terminera sur le toit d'un métro après que le Kid se soit encore évadé.

Le lendemain, Conan et les autres prennent l'avion accompagnés de Julie et de toute sa troupe. Le Kid n'ayant pas volé le bijou, Conan va la surveiller de très près. La sérénité du vol est alors interrompue par le décès soudain de Julie, empoisonnée au cyanure. Conan va vite résoudre ce meurtre : après avoir montré que le poison n'était pas dans les chocolats, Conan comprendra qu'il était dans son maquillage, qu'elle a absorbée en se léchant les doigts après avoir mangé la friandise ; la coupable est sa maquilleuse, dont la carrière fut sabordée par Julie.

Julie n'est pas la seule atteinte, en effet, les pilotes, ayant embrassé sa main sont également empoisonnés. L'un des acteurs décide de prendre les commandes et choisit Conan comme copilote. Celui-ci comprend que c'est en réalité Kaito Kid déguisé. Ensemble, ils parviennent à poser l'avion en urgence sur un des quais du port de Tokyo.

À bord d'un luxueux yacht, Conan et toute sa petite troupe au grand complet voguent au gré de cette paisible croisière. Bien évidemment, un évènement viendra rapidement briser cette utopique félicité : le meurtre d'un des passagers. Cet incident déclenchera une réaction en chaîne allant crescendo jusqu'à mettre en péril la vie des 600 passagers car un dangereux terroriste menace de tout faire sauter...

Ran, Conan, Kogoro et les Détectives boys sont invités à se rendre dans un tout nouveau parc d'attraction. Sonoko, grâce à sa situation familiale, est aussi de la partie. Mais si Kogoro est présent c'est avant tout pour résoudre une affaire. On remet tout d'abord à chaque invité un bracelet électronique qui est un pass pour toutes les activités Il est actif jusqu'à 22h, heure de fermeture du parc. Tandis que les autres partent profiter du parc, Conan et Kogoro sont mis au courant de l'enquête à résoudre par le propriétaire du parc, aussi propriétaire d'un grand hôtel. Néanmoins, ce mystérieux client ne leur facilite pas la tâche et le nombre d'indices est restreint car celui-ci menace de faire exploser leurs amis et eux-mêmes via le bracelet VIP qu'ils ont endossé, s'ils ne résolvent pas dans un temps limité une enquête qui leur est confié. D'autres personnes ont reçu la même menace, comme Heiji.

Nous retrouvons tous nos héros en vacances à Okinawa, sur une île du Pacifique. Le guide qui s'occupe d'eux propose aux enfants une chasse au trésor. Cependant des évènements étranges ont lieu : une attaque de requins, un vol au musée... Tout semble lié à une vieille légende sur Mary Read et Anne Bonnie... car l'île est un lieu qui a donné naissance à une légende : on raconte en effet que deux femmes pirates auraient caché quelque part leur butin il y a plus de 300 ans. Évidemment, cette histoire attire les chasseurs de trésor et l’île sera le théâtre d’une nouvelle énigme à résoudre pour Conan, Ran et les autres.

Une série de meurtres semblent viser seulement des musiciens. Toutes les victimes étaient des étudiants d’un conservatoire de musique sous la direction d’un célèbre pianiste. Entretemps, Conan et les autres sont invites à l’ouverture de la salle de concert de ce pianiste. La tête d’affiche des artistes internationaux qui sont rassemblés pour le concert, est une chanteuse à la voix prodigieuse ainsi que la présence d'un violon Stradivarius. Quelqu’un essaie de la tuer mais par chance Conan lui sauve la vie à la dernière minute. Lui et ses amis deviennent les cibles et sont attaqués un à un…

La fête du Tanabata arrive bientôt. Kogoro Mouri est appelé pour assister à une conférence de police traitant de meurtres en série, où plusieurs points communs ont été constatés entre les décès, dont une tuile de mah-jong retrouvée sur les lieux du crime. Mais ce qui se relève à première vue être une affaire anodine prend une toute autre tournure lorsque Conan se rend compte qu'un membre de l'Organisation était présent à cette réunion.

La question se pose : l'Organisation a-t-elle quelque chose à voir avec ces meurtres? Il découvre la réponse plus tard lors d'un face à face avec Vermouth...

Après la mort suspecte d'un homme dans un accident de voiture, les agents de police de nombreuses villes du Japon décident de travailler en commun sur ce qui semble être l'œuvre d'un tueur en série. En effet, sur chaque mort, on a retrouvé une tuile de mah-jong à 7 cercles dont un coloré en rouge, avec une lette au dos barré verticalement.

Le détective Mouri est invité à rejoindre le groupe d'enquêtes, composé de tous les agents de police que Conan a pu croiser. Après la réunion, Conan découvre qu'un homme de l'Organisation noire était présent. L'inspecteur Yamamura lui ayant rapporté que quelqu'un avait composé sur son téléphone portable le début de la mélodie de Nanatsu no Ko, que Conan sait être l'adresse de courrier électronique du chef de l'organisation et que, de plus, Conan a vue la Porsche de Gin devant le Commissariat. Il n'a cependant aucun indice sur la raison de leur présence à cette réunion.

Il le découvre le jour du Tanabata de la bouche de Vermouth, intervenue dans l'arrestation d'un suspect dans un centre commercial : l'un des morts était membre de l'organisation, en possession d'une carte mémoire contenant toutes les informations sur les opérations en cours de l'organisation, que Irish, le membre infiltré, doit retrouver.

Avec l'aide de Heiji Hattori, Conan découvre que le mobile du tueur viendrait d'un incendie dans un hotel à Kyoto, deux ans auparavant, où une jeune femme Nanako Honjo, a trouvé la mort. Les sept cercles de la tuile représenteraient les sept personnes qui ont pris l'ascenseur, laissant Nanako mourir.

En découvrant que Nanako et son petit-ami admiraient les étoiles par son voisin, Conan réalise que les scènes de crime forment la Grande Ourse et l'Etoile polaire (les lettres désignaient chaque étoile des constellations), et que le dernier crime sera à la tour de Totto. Il retrouve sur place Kosuke Mizutani, le petit-ami de Nanako, sur le point de se suicider, alors que Conan sait qu'il n'est pas l'assassin : le coupable est le frère de Nanako, Kazuki, qui avoue que Nanako s'est sacrifié pour sauver les sept personnes dans l'ascenseur, puisqu'il était l'un d'entre eux. Le perfectionnisme de Kazuki et le fait d'utiliser les étoiles l'ont trahi.

Dans l'intervalle, Mouri, ainsi que les inspecteurs Sato et Takagi, résolvent aussi l'affaire, mais les policiers reçoivent un appel du professeur Agasa : lui et les Détectives Boys ont découvert que quelqu'un collait les ailes de scarabées en V, ce qu'Agasa a identifié comme un appel au secours (en référence à Help!, cinquième (V) album des Beatles, pour scarabée).

Tous découvrent ainsi que Irish s'est déguisé en superintendant Matsumoto. Malgré une intervention de Ran, qui a appris que Conan était à la tour, Irish parvient à trouver la carte mémoire. Il rejoint le sommet pour retrouver un hélicoptère avec Gin, Vodka, Korn et Chainti, qui le tue d'un tir de fusil, détruisant aussi la carte mémoire. Conan parvient à fuir en utilisant le nouveau modèle de bretelles du professeur Agasa, et endommage l'hélicoptère qui va se crasher plus loin.

Un groupe de bio-terroristes, les Siamois Rouges, fait exploser un laboratoire et annonce s'être emparés d'un virus mortel pour lequel il n'y a aucun remède. La police du Japon est sur le qui-vive, mais seul Jirokichi Suzuki, l'oncle de Sonoko enrage : cette affaire vole la vedette à son nouveau plan pour capturer Kaito Kid.

Cette fois-ci, il entrepose le Lady Sky, un anneau surmonté d'un lapis lazuli, sur son dirigeable pour appâter le voleur, et a convoqué plusieurs journalistes pour saisir l'événement. En cours de vol, Ran repère Kaito Kid, démasqué par un pansement qu'elle lui avait donné alors qu'il portait un autre costume. Pour garder le secret, Kid joue son va-tout : il utilise sa ressemblance avec Shinichi Kudo pour se faire passer pour le détective ; Ran garde le secret. Mais alors que tout va pour le mieux, plusieurs personnes commencent à montrer des éruptions cutanées. Peu après, Jirokichi reçoit un appel des Siamois Rouges : ils ont libéré le virus à bord et vont prendre le contrôle de l'engin, et en cas de résistance, ils feront tout exploser. Conan, alors à l'écart avec Genta, Ayumi et Mitsuhiko, entend tout et parvient à désamorcer les bombes. Il est cependant repéré et le chef des terroristes n'hésite pas à le jeter du haut du dirigeable ; Kid se jette dans le vide pour sauver son rival, avant de trouver une pirouette pour remonter à bord, grâce à un hélicoptère de la police, en utilisant encore les talents du Kid qui se fait à nouveau passer pour Shinichi.

À bord de l'engin, alors que les terroristes allument des fumigènes, de plus en plus de personnes ont des éruptions, dont Ran. Conan, qui soupçonne que toute cette histoire cache quelque chose, contacte Heiji Hattori à Osaka, où la population est saisie de panique depuis que les Siamois Rouges ont annoncé l'arrivée du dirigeable contaminé. En effet, en essayant de comprendre pourquoi Genta, pourtant largement exposé, ne semble pas malade, Conan/Shinichi démêle l'affaire : le dirigeable et la menace bio-terroriste n'était qu'un leurre pour évacuer Osaka, afin de dérober les statues de Bouddha des temples de la préfecture d'Osaka ; les éruptions cutanées ne sont qu'une réaction allergique à de la laque pulvérisée dans l'engin.

Conan parvient seul à mettre hors d'état de nuire le commando armé, avant de rassurer les passagers et retrouver le leader du groupe, qui tente de tuer Conan. Le détective s'en sort grâce à ses gadgets, mais ne peut retenir Kaito Kid, qui se fait finalement éconduire par Ran en se montrant trop entreprenant.

Un jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Celle-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal qu'il doit inaugurer le lendemain. Heureusement, après que Conan en a entendu parler par Kogorô, il a réussi à prévenir les et aucune victime grave n'est à déplorer.

La police a beaucoup de mal à désigner un suspect, mais une autre construction initiée par Asakura est menacée : le barrage électrique dans la préfecture de Niigata, construit quand Asakura était encore Ministre des Transports. Conan et les autres ont décidé de s'y rendre pour démasquer le coupable. Kitano Sawamura a réuni de très nombreuses personnes pour le cinquième anniversaire du transfert du barrage, mais tous ne sont pas à la fête, car un drame datant de la même époque marque encore les esprits : cinq ans auparavant, un chauffard a tué une jeune femme et blessé un enfant, toujours dans le coma depuis.

Conan va alors découvrir les secrets des habitants et le lien entre toutes ces affaires.

Un jour, Kogorô reçoit à l'agence un coup de téléphone. Au bout du fil, une personne qui lance un avertissement concernant l'explosion d'une bombe. À la fin du message, l'auteur laisse un code "Le Garçon en Bleu et Le Zèbre Bleu, La pluie venant d'en haut...". Si Conan arrive à déchiffrer ce code, il pourra stopper la bombe. C'est une nouvelle aventure qui commence pour Conan et les Détectives Boys. L'histoire prendra place dans un stade, lors d'une rencontre de foot entre l’équipe des Tôkyô Spirits, de Hideo Akagi, et celle des Big Ôsaka de Ryûsuke Higo.

Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodefense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").

Suite au décès accidentel et précoce de la reine Sakura et son fils Gilles, la princesse Mira se retrouve à être la principale prétendante à la succession au trône de Vespania de son défunt frère, une monarchie estimée pour un minerai spécial. Durant son voyage au Japon, après avoir échappé à une tentative d'assassinat lors d'une réception à laquelle étaient conviés Conan et le détective Kogouro Mouri, la princesse Mira fait la rencontre de Ran, la fille de Mouri qui est son sosie parfait. Elle profite donc de cette occasion pour échanger sa place de princesse avec cette dernière afin d'échapper à cette vie de souveraine.

De l'autre côté, Jigen et Lupin parviennent à infiltrer les coulisses du royaume de Vespania afin de s'emparer de la couronne de la reine qui n'est rien d'autre que le trésor le plus précieux de ce pays.

Ainsi, tout le monde se retrouve embarqué dans l'affaire relative au décès de la reine et du prince de Vespania.